El sistema tributario para el sector agrario es complejo por la existencia de regímenes especiales de exoneración cruzada por lista de productos, por niveles de ingreso, por regiones y por nivel de valor agregado. La legislación tributaria limita la participación del productor agrario debido a las exigentes obligaciones formales y sustanciales, desincentivando la formalización del sector y perjudicando al pequeño y mediano productor formal cuya producción compite con la de los informales, además de generar una serie de distorsiones en la formación de costos, creando ineficiencias en el mercado.
Se estableció para el sector agrario incentivos particulares definidos en la Ley Nº 27360, Ley que aprueba las normas de promoción del Sector Agrario, que permite una reducción del Impuesto a la Renta del 30% al 15%, una tasa de contribución a EsSalud en el orden del 4% (el resto de sectores aporta el 9%). Otro dispositivo es la Ley Nº 27614 que prorroga el plazo de exoneración a algunas partidas arancelarias del Texto íšnico Ordenado de la Ley del IGV e Impuesto Selectivo al consumo.
El Ministerio mantendrá los documentos cancelatorios para que fertilizantes, equipos de riego por goteo y vaquillonas preñadas de calidad tengan un costo inferior (no incluye los pesticidas). Además se está estudiando una rebaja de aranceles para bienes de capital, en actual coordinación con el Ministerio de Economía y Finanzas.
Asimismo, para el caso de inversiones nuevas en el sector se permitió depreciar a razón de 20% las inversiones en obras de infraestructura hidráulica y obras de riego, mientras que en la etapa pre-productiva de sus inversiones podrán recuperar anticipadamente el IGV pagado por los bienes de capital, insumos, servicios y contratos de construcción.
También existen otras medidas tributarias dirigidas a beneficiar por ámbito geográfico y actividad económica como es la Ley 27037 que aplica una tasa reducida del impuesto a la renta de 5% a 10% y exoneraciones del IGV en zonas priorizadas de la amazonía, y beneficiar por niveles de ingreso, Ley 27445, que exonera del pago de IGV, IPM e IR a los productores agrarios cuyas ventas anuales no superan las 50 UIT. Asimismo, se han aplicado leyes de condonación y reprogramación de deudas tributarias para empresas agrarias y agroindustriales (Programa de Regulación tributaria).
